Во-первых, это напитки, разные по консистенции. Айран более жидкий и полупрозрачный, мацони густой и концентрированный.
Во-вторых, айран является прохладительным напитком, который принято употреблять в жару, как кефир, но более жидкий. Айран из магазина может быть слегка газированным, но не всегда. Мацони более близок к кефиру по вкусу, но более густой. На его основе готовят соусы, заливают им овсянку, употребляют со свежими фруктами и ягодами.
Мацони более кислый. Айран чуть соленоватый и кисловатый в меру.
Мацони готовят из пастеризованного коровьего молока путем сквашивания с применением кисломолочных бактерий. Дома готовят из домашнего коровьего молока с применением закваски.
Айран готовят непосредственно перед приготовлением. Основа - простокваша, полученная из кипяченного молока, либо сюзьма. Эту основу разбавляют холодной родниковой водой и пьют.
Получается, что напитки эти совершенно разные.